Nelle università, dopo gli scritti e gli insegnamenti degli umanisti, si erano abbondantemente rotti le palle  della Scolastica, in particolare dato che i preti avevano fatto il santo favore di levarsi di culo dalle università  per andare a studiare nei seminari istituiti dal Concilio di Trento.  Per secoli la filosofia e la teologia era andate di pari passo: la prima  provvedeva a fondare la base razionale per l' accettazione della Rivelazione, la seconda forniva la necessaria moderazione delle divagazioni eterodosse del pensiero umano. Il principio della centralità della capacità di giudizio individuale, proclamato dai primi riformatori e ricevuto con tanto entusiasmo da parte loro seguaci, ha come conseguenza logica un ampliamento e una netta presa di posizione nei confronti  dei poteri della mente umana, a scapito delle autorità ecclesiale, con il corollario che che lo scetticismo, l'ateismo e il  materialismo  trovano favore nei circoli più culturalmente avanzati dell’ epoca.

Tuttavia, di fronte a prove evidenti dei limiti della mente umana, si registra una reazione, sia da parte di studiosi cattolici che di quelli protestanti, contro la presunta infallibilità della ragione. I filosofi cattolici sono inclini a diffidare assolutamente della  ragione, e a fare affidamento esclusivamente sull’ autorità divina come garanzia di verità. In altre parole, accettano il Tradizionalismo, mentre i protestanti, altrettanto sospetti nei confronti della  ragione, proclamano che nel giudicare il valore della  Rivelazione, il sentimento e la volontà umana debbano essere ascoltati come pure l'intelligenza, vale a dire che accettano quello che è chiamato, nei paesi di lingua anglosassone e che non trova un corrispettivo in una traduzione decente italiana,  Sentimentalism.

Il tentativo di sostituire la tradizione scolastica da parte di alcuni nuovi sistemi filosofici ha dato luogo a varie scuole di pensiero, la maggior parte delle quali può essere fatta risalire,  in ultima analisi, a Bacone e Descartes, il primo  alfiere del metodo induttivo, l’ altro del metodo deduttivo. René Descartes (1596-1649) nasce  in Turenna e riceve la sua prima educazione dei Gesuiti. Seguendo il  suo desiderio di vedere il mondo, sian  stati i troppi libri o il suo provincialismo,  prende servizio come soldato nell’  esercito del principe Maurizio di Nassau, e successivamente in quella del principe elettore di Baviera. Si ritira dalla vita attiva per dedicarsi allo studio della matematica e della filosofia. In un primo momento trova un tranquillo rifugio in Olanda; da lì migra a Stoccolma su invito della regina Cristina. In Svezia, dopo qualche mese di residenza, muore di una malattia polmonare. La signorina Wasa pretende che Cartesio le faccia lezione di buon mattino, costringendolo ad improvvide uscite ad orari antelucani, nel bel mezzo di un gelido inverno svedese. Descartes ci lascia le penne. Per tutta la sua vita , Cartesio rimane un sincero e devoto praticante cattolico, nonostante non si sia peritato di sbudellare gente per conto terzi.  Mettendo da parte la Rivelazione, la quale egli dichiara di non volere affrontare, Descartes, dall’ applicazione del suo principio del dubbio metodico, perviene alla conclusione che il fondamento di ogni certezza risieda nella proposizione Cogito ergo sum  . Da un esame delle proprie idee su un essere più perfetto, arriva alla conclusione che Dio esiste, e  all' esistenza di un Essere Supremo buono e saggio che ha dato la ragione agli uomini, la coscienza e la capacità percettiva al fine di acquisire conoscenza ; egli sostiene che queste facoltà non possano condurre gli uomini in errore, e che, di conseguenza,  la veridicità di Dio è il fondamento ultimo di ogni certezza.

Le teorie di Cartesio sono condotte alla loro logica conclusione dai suoi successori. Blaise Pascal (1623-1662) è influenzato ampiamente dal misticismo del Medioevo. Pascal pone in secondo piano la ragione, verso la quale si mostra diffidente, ed esalta al contrario la fede , come unico mezzo per risolvere le difficoltà che il puro intellettualismo non può risolvere. Arnold Geulincx (1625-1669) prima cattolico,  poi divenuto calvinista, argomentando a partire  dall’ antitesi supposta da Cartesio tra  mente e materia, sostiene che la materia, essendo  inerte non possa produrre le sensazioni e le volizioni esperite dagli esseri umani , e che, pertanto, queste debbano essere causate da Dio. In altre parole propone la teoria dell’ Occasionalismo. Questa dottrina occasionalistica come dispensante una spiegazione delle sensazioni è stato ampliata e approfondita da Nicolas Malebranche (1638-1715), uno allievo della Sorbona, al fine di spiegare l'origine delle idee umane. Questi ha sostenuto che non possano provenire da fuori, perché non vi può essere alcun contatto tra mente e materia, che non possano  venire dalla mente stessa, perché la creazione è un attributo unicamente dell’ Essere Infinito e che, pertanto, esse debbano  venire da Dio. Quindi, secondo Malebranche, è in Dio o nell’Essenza Divina che noi vediamo tutte le cose. (Una chiara proposizione di ontologismo).  Se tutte le attività e tutte le conoscenze provengono direttamente da Dio, è naturale concludere, come fa Baruch Spinoza (1632-77), che esista solo una sostanza dotata dei due attributi di pensiero e di estensione. Ciò conduce ad elaborare una teoria avvicinabile al Monismo, e, lato sensu, al Panteismo.

Da questi lunghi pipponi  si evince che il rifiuto del sistema scolastico e il divorzio tra teologia e la filosofia conduce al caos dogmatico e, in definitiva, al rifiuto della Rivelazione divina. Con i suoi attacchi contro le vecchie prove dell’ esistenza di Dio e contro i motivi della loro credibilità, coi quali ha posto l'accento sul dubbio metodico come l' unica strada sicura per la certezza, e con i sospetti sollevati da lui contro l'affidabilità assoluta e indubitabile  della ragione umana, Descartes involontariamente apre la strada allo scetticismo e all' ateismo. Anche se il suo sistema è condannato da Roma e vietato più di una volta da Luigi XIV,  è  ripreso in Francia  dagli Oratoriani e dalla maggior parte dei più importanti studiosi.

Lo spirito del diciottesimo secolo è nettamente sfavorevole agli ordini religiosi. I razionalisti, i frammassoni, e i sostenitori dell’ Assolutismo illuminato fanno fronte comune nella lotta contro la fondazione di nuove congregazioni e per garantire la soppressione delle confraternite religiose che erano già state fondate. In Austria, a Napoli, in Spagna, in Francia si conduce un’ assidua campagna per lo scioglimento di ordini e congregazioni , o, spesso, più realisticamente, per modificare le loro regole, al fine di rescindere il legame con Roma e di assoggettare i religiosi all’ autorità dei governanti secolari. Durante la campagna molte case religiose  sono soppresse in Austria e in altri territori dell' Impero, ma la vittoria di gran lunga più importante dei sostenitori di questa campagna, è senza dubbio la soppressione della Compagnia di Gesù.

Eppure, a dispetto di ogni intenzione secolarizzatrice , gli ordini religiosi mantengono terreno, lgli uomini di chiesa continuano nel loro apostolato, gettando le basi di nuovi organismi, che sono  destinati a prendere parte ad un deciso revival religioso nel XIX secolo. Uno dei più notevoli tra questi uomini di chiesa  è Sant'Alfonso Maria de 'Liguori (1696-1787). Nato vicino a Napoli, dapprima si dedica alla professione di avvocato, ma ben presto l’ abbandona per donarsi  totalmente a Dio, coerentemente all’ ispirazione un po’ melensa dei suoi scritti. E’ ordinato sacerdote nel 1726. Nel 1732 getta le basi di una nuova società religiosa, la Congregazione del Santissimo Redentore, che è approvata da Benedetto XIV nel 1749. Dopo aver rifiutato vari onori fu costretto ad accettare il Vescovado di sant' Agata dei Goti  nel 1762,  da cui si ritirò nel 1775 per dedicarsi alla preghiera e alla composizione trattati spirituali che gli riservano un posto importante non solo, semplicemente,  come teologo morale,  ma come  maestro di vita ascetica. Nel 1744  pubblica le sue  Note sulla Teologia Morale di Busenbaum, che costituisce la base della sua Theologia Moralis pubblicata nel 1753-55, e che vede nove edizioni nel corso della vita dell’ autore. E’ dichiarato Venerabile nel 1796 da Pio VI, canonizzato nel 1839 da Gregorio XVI, infine,  riconosciuto come Dottore della Chiesa da Pio IX nel 1871, significativamente all’ indomani della presa di Roma.

La Congregazione del Santissimo Redentore (Redentoristi) è stata fondata da  Alfonso Maria de’ Liguori  a Scala, vicino Amalfi, nel regno di Napoli (1732), ed è stata approvata nel 1749. L' obiettivo dei suoi membri è quello di imitare le virtù e l' esempio di Gesù Cristo, Redentore dell’ umanità , nella consacrazione particolare delle loro vite alla predicazione della parola di Dio ai poveri. L'opposizione del primo ministro  del Regno di Napoli, Bernardo  Tanucci, rappresenta una fonte di grande difficoltà per il fondatore. Dopo la caduta del Tanucci,  Alfonso Maria de’ Liguori  pensa che gli si offra una buona occasione per assicurare ai Redentoristi l'approvazione del governo, ma è  indotto da alcuni amici che lo vogliono fregare , mettendolo da parte, ad accettare una modifica della Costituzione dell’ ordine, il Regolamento (1779-80), che porta ad un separazione tra le case Redentoriste del Regno di  Napoli e quelle situate negli  Stati Pontifici. La controversia è , tuttavia, risolta nel 1793. La Società si diffonde rapidamente in Italia, in Germania, dove i suoi interessi sono salvaguardati da Padre Hofbauer, e durante il diciannovesimo secolo, sono istituite case  in ogni paese in Europa, in America e in Australia.

I Passionisti (La Congregazione dei Chierici Scalzi della Santissima Croce e Passione di Nostro Signore Gesù Cristo: un nome lungo lungo che manco la Wertmüller) sono stati fondati da san Paolo della Croce (1694-1775). Questi  nasce a Ovada, vicino a Genova, è ordinato da Benedetto XIII nel 1727, che allo stesso tempo concede la sua approvazione delle regole elaborate per la nuova società.  Fonda la sua prima casa ad Argentaro e, quindi, procede alla fondazione della Congregazione dei Passionisti. La nuova società ha ricevuto la sanzione formale e l'approvazione di Clemente XIV nel 1769 e di Pio VI (1775). Prima della morte del fondatore, diverse case sono istituite in Italia, rimpiazzando quelle abolite durante le soppressioni seguite il propagarsi dell’ onda lunga della Rivoluzione Francese nella penisola . La congregazione è, tuttavia, ricostituita da Pio VII (1814), e si diffonde rapidamente in Europa, negli Stati Uniti, in Sud America. La prima casa dei Passionisti in Inghilterra è istituita dal  celebre Padre Domenico a Aston Hall nello  Staffordshire (1842), e la prima casa in Irlanda è stato aperta presso Mount Argus nel 1856.